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Le village Animal et Wild Town se sont unis pour sauver Happy, prisonnier à Saint-Royaume. Alors que le roi Léon, invincible grâce au pouvoir du Cristal Sain, a mis tous ses amis hors de combat, le Cœur Souriant projette Happy dans l'esprit de son adversaire. Happy risque d'être englouti par le désespoir, quand soudain ?! De son côté, Tortoise, dont les intentions sont toujours aussi mystérieuses, retrouve Happy à l'Arbre-Tour. Pris dans un étrange rayon lumineux, notre héros se réveille dans un jardin inconnu...

Revenu dans le présent, Happy se demande pourquoi il n'est pas renvoyé chez lui alors qu'il a sauvé Marys. Le général Star et son armée des machines font alors irruption dans le monde Animal ! Marys ne se laisse pas faire et se sert de sa magie pour protéger ses amis. Mais pendant mille  ans, Star a élaboré de nouvelles machines, les Trois Animaux Fantastiques... C'est le début d'un dernier combat, légende contre légende ! Happy pourra-t-il rétablir la paix et retrouver Natsu ?

Renvoyé dans le passé, Happy fait la connaissance de Marys, une petite fille emprisonnée dans la Tour-Science. Le général Star, épaulé par son armée des machines, compte s'emparer du pouvoir de Marys, et lui révèle le secret de ses origines afin de le libérer : les MF, animaux qui parlent et marchent comme des humains nés de la magie de la fillette, en sont alors victimes ! Happy a beau tout tenter pour la consoler, Marys sombre dans les ténèbres face à l'affreuse vérité et à la souffrance de ses amis... Le monde Animal est en danger, et le temps du sacrifice est arrivé !