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Jin se fait peu à peu à sa nouvelle vie. Son nouvel ami, Katsu Kaishu, l'emmène à Yokohama pour rencontrer des docteurs et discuter médecine occidentale. A son retour, Jin se retrouve confronté à une multitude de patients atteints par une terrible épidémie de choléra. Malgré toutes les précautions qu'il prend pour les soigner, Jin est aussi contaminé.

Jin Minakata, 34 ans, responsable de la section neurochirurgie du CHU de Tôto, examine un patient, le soigne et découvre un foetus humain dans la tête. Après l'en avoir extrait, Jin commence à entendre une voix dans la sienne. Jusqu'au moment où, en chutant dans l'escalier du bâtiment, il atterrit au milieu de la forêt et tombe sur une bande de samuraïs en plein combat.

Transporté dans le temps à la fin de l'époque shogunale, le médecin Jin Minakata fait la connaissance de Ryoma Sakamoto qui l'entraîne dans le quartier des plaisirs de Yoshiwara. Mais chez les courtisanes se propage le mal de la vérole, ce qui décide Jin à se lancer dans un nouveau combat.