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L'oncle, seul homme valide du village, a disparu. Tout le monde le recherche et Kirikou le retrouve au fond d'une grotte, mais lui aussi est tombé dans le trou. En cherchant une sortie, Kirikou découvre des peintures dessinées sur la pierre.

Karaba a trouvé un nouveau moyen de déstabiliser le village : elle y envoie l'un de ses fétiches avec un collier d'or. Les femmes du village se battent alors afin de déterminer qui en est la légitime propriétaire.

En suivant des empreintes qui l'intriguent, Kirikou s'éloigne du village et s'enfonce dans la savane. Bientôt, les fétiches de la sorcière Karaba l'encerclent. Kirikou réussit à leur échapper en montant sur la tête d'une girafe, prouvant une fois de plus que sa ruse est plus forte que la méchanceté de la sorcière.

Avant d'affronter Karaba la sorcière, Kirikou a surmonté bien des épreuves. Voici ses aventures alors qu'il était encore minuscule : Kirikou et le buffle aux cornes d'or, Kirikou et la hyène noire, Kirikou et la girafe, Kirikou et le fétiche égaré, quatre nouvelles histoires du héros tirées du deuxième film.

Dans le village de Kirikou, les femmes savourent la bière nouvelle. Mais elles tombent malades, et Kirikou découvre des fleurs de poison au fond de la jarre. Un seul remède possible : les fleurs jaunes de la Montagne interdite, le domaine de Karaba. Aidé par les enfants du village, Kirikou se déguise en fétiche pour aller les chercher. Courage et solidarité vont l'aider à triompher de Karaba.