Alors que la planète est entièrement régie par des réseaux informatiques et que les cyborgs et les machines se confondent avec les humains, le major Kusanagi va essayer de découvrir qui se cache derrière ces réseaux de communication.
Mettant en scène tous ses phantasmes, Shirow nous entraîne une fois de plus dans son univers peuplé de mechas et de bioroîds, nous donnant son angoissante vision d'un futur ne laissant aucune place pour les sentiments.