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1899, la République est au bord de l'explosion, prise en étau entre les ligues nationalistes et antisémites et la menace anarchiste. Le cadavre d'une inconnue retrouvée dans la Seine va propulser un jeune inspecteur ambitieux au cœur d'une enquête criminelle qui révélera un lourd secret d'État. Il va croiser la route de Lépine, de retour à la tête d'une Préfecture vérolée par les luttes de pouvoir, de la première femme avocate et d'une courtisane reconvertie en espionne... Ces personnages que tout oppose vont s'unir pour affronter un coup d'État. La Belle Époque n'a de belle que le nom.

Le long métrage de Jean-Jacques Annaud reconstitue heure par heure l'invraisemblable réalité des événements du 15 avril 2019 lorsque la cathédrale subissait le plus important sinistre de son histoire. Et comment des femmes et des hommes vont mettre leurs vies en péril dans un sauvetage rocambolesque et héroïque.

Madeleine, 92 ans, appelle un taxi pour rejoindre la maison de retraite où elle doit vivre désormais. Elle demande à Charles, un chauffeur un peu désabusé, de passer par les lieux qui ont compté dans sa vie, pour les revoir une dernière fois. Peu à peu, au détour des rues de Paris, surgit un passé hors du commun qui bouleverse Charles. Il y a des voyages en taxi qui peuvent changer une vie...

Cette nouvelle époque commence à Noël 1904. Alors que la police des mœurs nettoie les rues de Paris de ses prostituées sur l'ordre du préfet Lépine, le cadavre d'un homme est retrouvé au Bois de Boulogne. Cette enquête confiée à l'inspecteur Antoine Jouin l'entraîne dans un monde clandestin où proxénètes, maîtres-chanteurs et médecins véreux sont associés.

Octobre 1958, en pleine guerre froide, des scientifiques yougoslaves sont gravement irradiés dans le cadre d'une mission tenue secrète. Ils sont soupçonnés de travailler à la fabrication d'une bombe nucléaire. Rapatriés en France, ils sont pris en charge par le professeur Mathé à l'Institut Curie. Une course contre la montre s'engage alors pour les sauver...