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2029, Newport City. Le major Motoko Kusanagi, femme cyborg ultra perfectionnée, à la tête de la Section 9, une unité d'élite anti terroriste, enquête sur un nouveau cyber-virus capable de contrôler les esprits et d'altérer les souvenirs de ses victimes. Le suspect principal, surnommé le Marionnettiste, à la réputation aussi mystérieuse qu'insaisissable, devient la cible d'une traque intense sur fond de rivalité avec la section 6, à la solde du ministère des Affaires etrangères et de son mystérieux Projet 2501. Ecoutant sa voix intérieure, Motoko se lance corps et âme dans une quête sans relâche qui l'amènera à questionner son existence et sa part d'humanité. Version remasterisée son et image.

La Section 9 est une unité hautement professionnelle, impliquée dans les affaires d'espionnage les plus sales. Une mystérieuse cyber-pirate pénètre les réseaux les mieux protégés. Elle est recherchée pour terrorisme, manipulation de la bourse et détournement de données. Kusanagi suspecte le ministère des affaires étrangères et surtout un programme top secret : le Projet 2501. Mais alors qu'elle enquête, Kusanagi expérimente des sentiments étranges sur sa propre humanité...