Seulement âgée de 23 ans, Lara Croft, armée de son courage et de son arc, va devoir arrêter une apocalypse prédite par les Mayas et se battre, une nouvelle fois, contre l’Ordre de la Trinité. L’aventure commence au Mexique où Lara et Jonah explorent un sanctuaire comportant des informations sur une date, un lieu, un poisson rose et une montagne couronnée d’argent. Mais un piège posé par les trinitaires explose et provoque l'effondrement de la grotte. Lara et Jonah s’en sortent et rejoignent le village sur l'île de Cozumel. C’est sur la terrasse d’un bar que Lara décrypte les indices collectés. Elle apprend que les Trinitaires se dirigent vers le Brésil alors que c’est au Pérou que se trouve la montagne couronnée d’argent.