Après avoir été témoin des phénomènes surnaturels sur l'île du Yamataï, Lara Croft poursuit les travaux de son père qui avait donné sa vie en cherchant la Source divine, puissante relique pouvant conférer l'immortalité. Cela la mène dans un premier temps en Syrie, à la recherche du tombeau d'un mystérieux prophète du Xe siècle qui serait revenu d'entre les morts pour guider son peuple hors de l'empire byzantin. Alors qu'elle trouve enfin le tombeau, Lara est surprise par des hommes armés se faisant appeler les trinitaires, un groupuscule millénaire formé par le Vatican pour traquer les hérétiques. Eux-aussi sont à la recherche de la Source divine et sont prêts à massacrer tous ceux sur leur chemin. Après leur avoir faussé compagnie, Lara remarque un symbole dans le tombeau qui lui fera faire le lien avec Kitej, mythique cité sibérienne, disparue depuis. Mais les trinitaires volent ses travaux et une course contre la montre commence alors pour trouver en premier la cité perdue.