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1750. Pierre, 13 ans, garçon de la campagne un peu naïf mais rusé, entre au service de M. Buffon, le naturaliste, pour s'occuper de son singe qui doit servir d'appui à une démonstration scientifique à Paris. Mais le singe tombe malade et meurt. Buffon décide d'exploiter malgré tout son squelette, qu'il charge Pierre d'amener à Paris. En route, le squelette est dérobé. Pierre doit le retrouver.

Au XVIIIe siècle, alors que les philosophes tentent de publier l'Encyclopédie malgré la censure, Judith Amelot, fille d'imprimeur, se passionne pour les métiers du livre. Mais en 1759, son père est emprisonné à tort, accusé d'avoir imprimé des ouvrages interdits. Judith décide de mener une enquête. Manifestement quelqu'un cherche à nuire à son père et à son entreprise...