Formation de l'équipe et premier combat contre la Confrérie de Magnéto. Le passé de Wolverine est lentement dévoilé... livrant les X-Men aux mains du projet Arme X.
Les X-Men affrontent le fils caché de Charles Xavier, un mutant doté de pouvoirs redoutables décidé à se venger de son père. A peine remis de ces événements, et tandis que la confiance envers leur mentor a été largement compromise, les super-héros se retrouvent face au Club des damnés.