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Dans ce Japon contemporain, la fonction de kami, ou divinité, est attribuée à des humains dotés de pouvoirs surnaturels. Un diplôme d'État leur permet d'être employés dans un sanctuaire. La grand-mère de Nagi était déesse mais, depuis sa mort accidentelle, le temple dont elle avait la charge est déserté. Au grand désespoir de sa petite-fille qui n'a malheureusement aucun pouvoir. Du moins c'est ce qu'elle croit, attribuant tous les dons à son frère jumeau Takeru, qui vit reclus et qui communique avec sa sœur par télépathie. La rencontre de Nagi avec un jeune et beau kami surdoué change la donne : détectant les pouvoirs de l'adolescente, il la fait admettre à l'académie Kannagara, établissement très coté pour former ces futures divinités. Un week-end d'intégration où elle fait équipe avec cinq autres camarades fait émerger ses capacités exceptionnelles…

La venue du kami Tsukuyomi au sanctuaire de Nagi est loin de passer inaperçue : les curieux arrivent en nombre pour faire des offrandes... et vu l'engouement que le dieu suscite, c'est l'occasion d'organiser un festival improvisé ! Afin d'animer l'événement, Nagi monte pour la première fois seule sur scène et interprète avec brio la danse kagura que lui a enseignée sa grand-mère. Dès la reprise des cours, la lycéenne doit choisir un professeur en fonction des pouvoirs divins qu'elle souhaite développer... Mais qui pourrait bien accepter de former une élève aussi particulière ?

Nagi et ses amis se remettent à peine de leurs émotions après leur séjour en pleine montagne qu'ils doivent déjà commencer à réviser pour les examens de mi-trimestre ! Malheureusement pour elle, la lycéenne a un train de retard sur ses camarades et aurait bien besoin d'aide... Elle se tourne alors vers Tota, qui est un élève modèle, mais le jeune homme prétend ne pas pouvoir lui donner de coup de pouce... avant de lui laisser négligemment des livres utiles qu'il a empruntés à la bibliothèque. Peu après, lorsqu'elle veut les lui rendre, elle fait malencontreusement tomber la peluche de Takeru... qui s'est transformée en poupée maudite prête à attaquer les deux apprentis kami ! Nagi parviendra-t-elle à élucider ce mystère ?

Nagi vient d'être admise à l'académie Kannagara, l'école des kami, mais les cours sont loin d'être de tout repos, surtout quand on ne connaît pas encore ses propres pouvoirs. Et à cela s'ajoute un séjour d'intégration... qui n'est autre qu'un jeu de survie en pleine montagne ! Malheureusement, comme les élèves doivent utiliser leurs capacités spéciales lors des différentes épreuves, la jeune fille se sent impuissante face à ses camarades qui, eux, en ressortent épuisés... Qu'à cela ne tienne, elle va leur préparer un petit-déjeuner revigorant ! Alors qu'elle cherche des ingrédients aux alentours du campement, une étrange sensation l'envahit... et elle tombe nez à nez avec le kami Tsukuyomi ! Que fait-il dans un endroit pareil ?