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Super Paper Mario prend place dans un monde imaginaire. L'histoire se déroule principalement dans la ville de Recto, une ville créée par les Anciens et disposée en étages. De là, Mario peut accéder à Verso, une ville parallèle à Recto mais en plus sombre et en moins entretenue. La plupart des habitants de ces deux villes ressemblent à des humains pixellisés. De Recto, Mario peut être propulsé dans sept mondes grâce à des portes dimensionnelles.