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« Septembre 1980. Je vogue en direction d'Alexandrie. Je vais rejoindre le poste de doctorant qui m'attend au Caire pour ma thèse sur les mouvements islamistes.  J'ai 25 ans et j'inaugure ma vocation… » Prophète en son pays est un récit de formation qui couvre les quatre décennies pendant lesquelles Gilles Kepel a parcouru le monde arabe et musulman, de l'Égypte au Maghreb en passant par le Levant et le Golfe, ainsi que les « banlieues de l'islam » de l'Hexagone et de l'Europe.