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Alors qu’elle vient d’éliminer le dernier Ange, la Nerv est confrontée à une succession d’attaques en provenance directe de la Seele. L’assemblée des "vieillards" semble en effet plus que jamais déterminée à achever le Plan de Complémentarité de l’Homme. Suite à l’échec du piratage de MAGI, elle envoie un détachement de l’Armée d’autodéfense japonaise avec pour mission d’investir le QG de la Nerv et de liquider tous ses occupants. Leur seul espoir réside désormais dans les Eva mais Asuka est toujours plongée dans un état végétatif.