L'aventure de Miitopia prend place dans un monde imaginaire et fantastique. Dans celle-ci, l'île est en proie à une malédiction causant la perte des visages de ses habitants. Le joueur, aux commandes de son Mii, doit donc retrouver les visages volés et vaincre l'Avatar du mal, l'antagoniste principal, pour arrêter la malédiction.