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La planète SR388 est un univers extraterrestre dans lequel réside un sentiment d'isolement. Les zones sont plus grandes que dans le jeu original et par conséquent plus complexes. Le joueur croise de nombreux ennemis variés et des métroïdes dans divers salles et grottes, des salles remplies d'eau de lave, à la chaleur étouffante, ou des vestiges de constructions.