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L’intrigue de Metroid: Other M se déroule dans plusieurs lieux différents à l’intérieur d’un vaisseau spatial de la Fédération Galactique nommé « Station-Bouteille » (Bottle Ship en anglais). La première zone accessible se nomme simplement le Secteur principal et c’est de là que le joueur utilisera des ascenseurs reliés aux trois autres secteurs : la Biosphère au climat tropical et à la jungle luxuriante, la Cryosphère aux étendues glaciales couvertes d’un manteau de neige et la Pyrosphère aux bassins de lave et à la température extrême.