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En l'an 2019, le lieutenant Motoko Kusanagi est chef d'une escadre de police spécialisée dans la lutte contre la cyber-criminalité. Dans un monde où l'homme a troqué des parties de son corps contre des organes synthétiques et où désormais rien ne le distingue de la machine, Kusanagi, dont le corps sculptural créé de toutes pièces ne lui appartient même pas, s'interroge peu à peu sur la conscience qui l'habite, son « Ghost ». Femme d'action, elle mène son équipe avec professionnalisme et résout complot sur complot.