Après avoir reçu une invitation à séjourner dans un hôtel luxueux, Luigi se prépare à passer des vacances de rêve avec Mario et ses amis. Le rêve tourne rapidement au cauchemar lorsque le Roi Boo révèle que tout cela n'était qu'un stratagème pour capturer Mario et ses compagnons ! Une nouvelle fois assisté du farfelu professeur K. Tastroff, c’est à notre héros froussard de s'aventurer dans l’exploration d’un hôtel qui n’a rien d’une destination de rêve…