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Après s'être échappé de l'animalerie dans laquelle il vivait avec sa famille, Hopper, une souris, se réfugie dans le métro de Brooklyn où Zucker, fils du roi des rats Titus, le prend sous son aile. Titus mène une guerre sans merci au peuple des souris, les Mus, contre lesquelles il reçoit le soutien des chats. Bientôt, Hopper tente de rejoindre le camp des Mus