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Le jeu reprend le système de base des jeux Lego, reprenant les attaques en équipe introduites dans Lego Marvel's Avengers. Les niveaux sont en monde ouvert, regroupant plusieurs versions du multivers Marvel : le Manhattan de l'univers classique, l'Angleterre médiévale, le Wakanda, Nueva York en 2099, Asgard en plein Ragnarok, Sakaar, Hala, New York sous l'empire HYDRA, Manhattan Noir, K'un L'un, Xandar, Atlantis, Attilan, Knowhere.