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Après leur aventure survenue quelques mois auparavant dans The Wind Waker, Link, Tetra et toute l'équipe pirates sont partis au gré du vent, sur leur fidèle bateau, vers un nouvel horizon. Au gré des vagues, ils se dirigent vers un gigantesque manteau de brume, un navire abandonné mouille au milieu de l'épaisse couche de brouillard… Tetra, décide d'aller explorer le navire, mais elle n'avait pas prévu que l'exercice serait si éprouvant et se met en danger. Link tente alors de la sauver mais ses efforts sont malheureusement futiles, il se noie dans l'océan brumeux.