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Quand des pingouins apparaissent partout dans sa petite ville, semant au passage une joyeuse pagaille, le jeune Aoyama se dit qu'il y a là une enquête à mener. Ce studieux élève de CM1, accompagné de son meilleur ami, enrôle également sa rivale aux échecs et une énigmatique assistante dentaire pour percer le secret des pingouins. Mais ces petites bêtes ne sont que le premier signe d'une série d'événements extraordinaires. Commence alors pour le jeune garçon une aventure pleine de surprises... et de pingouins !