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Misaki vient juste d'emménager avec son père à Hohoro, la ville natale de sa mère morte il y a quelques années. Une nouvelle vie commence alors pour elle. Mais un soir, alors qu'elle rentre de l'école, elle trouve une drôle de créature : Nio. Cet étrange reptile a la particularité de se transformer en petit garçon quand on l'embrasse, et de reprendre sa forme originelle quand il rentre en contact avec de l'eau. Misaki va très vite décider de l'adopter.