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En ce début du XVIIème siècle, Goa, possession portugaise depuis plus d'un siècle, passée sous le joug espagnol, et donc de l'inquisition, est considérée comme l'une des merveilles du monde et attise toutes les convoitises . François Costtentin, cartographe dieppois, qui rêve de découvrir la terre australe, et Jean Mocquet, apothicaire, intendant du cabinet des Singularités d'Henri IV, qui est attiré par la végétation luxuriante de la côte de Malabar, entrent au service du vice-roi des Indes et embarquent à Lisbonne pour une traversée inouie et atroce, sur la fameuse mer des Ténèbres.