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1771, au temps de la Compagnie française des Indes. La frégate l'Hirondelle et son capitaine, De Villemort, quittent Port Louis pour accomplir une mission secrète : aller voler aux Hollandais des plants de girofles et de muscades dans les îles des Moluques. Benjamin, jeune botaniste de 16 ans converti aux idées nouvelles, fait partie de l'expédition qui regroupe marins, savants et cartographes.