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Dans le Paris du XVIe siècle, Théophrastus, médecin et alchimiste, doit affronter les haines déclenchées par sa pratique. Bientôt, l'un de ses patients, un mignon en vue à la cour de Henri III, est retrouvé mort. Jean du Moncel, un jeune lieutenant de police, mène l'enquête. Il tombe sous le charme d'Aude, la fille de Théophrastus, bien décidée à lui apporter son aide.