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Détective Pikachu prend place dans l'univers fictif de Pokémon. L'intrigue se déroule dans la ville urbaine de Rhyme City où vivent en harmonie les humains et les Pokémon. Le joueur suit l'histoire de Tim Goodman, un jeune étudiant qui part à la recherche de son père, récemment disparu alors qu'il enquêtait lui-même sur des Pokémon. Tim s'associe rapidement avec un Pikachu, qui se remarque par son air hautain, prétentieux et son penchant pour la séduction, et dont Tim est le seul à entendre parler.