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Le jeu se déroule dans la ville sous-marine de Rapture, en 1970, dix ans après les événements relatés dans BioShock. La cité sombre et mystérieuse est désormais contrôlée par Sofia Lamb. Dans cet univers influencé par le biopunk et le dieselpunk, le joueur incarne un Big Daddy, un personnage en tenue de scaphandrier. Pour ce prototype de Big Daddy, nommé « sujet Delta », la mission est de retrouver la Petite Sœur auquel il est rattaché.