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Des membres d'équipage sont embarqués dans une mission secrète. A la surface, dans son village sur pilotis, le jeune Alphonsino s'apprête à passer une épreuve initiatique. Il est attiré au fond de la mer par une pierre luminescente. Agnès, que Ducan Dimanche tente de sauver, est tenue en vie dans une sphère de liquide par un savant peu scrupuleux. Tous ces destins vont se mêler.