Kirikou, minuscule enfant sorti seul du ventre de sa mère, naît dans un village en proie à une terrible malédiction.
La sorcière Karaba a tari la source, rançonne les habitants et dévore les hommes partis la combattre. Entourée de son armée de fétiches magiques, elle règne sur le village. Kirikou, aussi petit que sage et malin, veut savoir pourquoi la sorcière est si méchante. Pour cela, il se rend dans la montagne interdite où son grand-père détient la vérité qui l'aidera à sauver les villageois.