Yoshi doit transporter Bébé Mario pour aller sauver son frère Bébé Luigi, enlevé par Kamek. Yoshi peut avaler des ennemis et ainsi pondre un œuf qu'il peut ensuite lancer cet œuf sur des ennemis ou sur des mécanismes pour les activer. Yoshi peut aussi faire une charge au sol, appelée Attaque Rodéo.
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