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Persona 5 a pour thème principal le Gentleman Cambrioleur, et les donjons sont faits main, contrairement aux donjons générés procéduralement des deux précédents opus. Chaque donjon a un niveau d'alerte et plus le niveau est haut, plus les ennemis sont nombreux et agressifs, augmentant le risque d'être capturé ou tué; Une fois que le donjon atteint un niveau d'alarme de 100%, le joueur est expulsé du donjon. Il faut donc éviter de se faire repérer en esquivant les ennemis ou en les attaquant dans le dos, déclenchant ainsi une embuscade.