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A Link Between Worlds se déroule dans le même monde que A Link to the Past, mais la topographie peut varier par endroit. Les donjons, bien qu'étant au même endroit, sont différents1. Le jeu dispose d'un monde parallèle comme dans A Link to the Past, d'où son nom, et chacun des mondes a sa propre Triforce. Ce monde parallèle se nomme Lorule et la princesse de ce royaume s'appelle Hilda. Pour passer d'un monde à l'autre, Link doit traverser des fissures présentes dans certains murs.