Des ninjas des quatre grands villages disparaissent les uns après les autres. Seul le Pays du Feu semble épargné. La tension monte entre les villages, et la guerre menace d'éclater d'un moment à l'autre. C'est dans ce contexte que Kakashi disparaît à son tour, attiré par le maléfique Hiruko. Naruto et ses amis bravent tous les dangers pour le retrouver...