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L'île de Hachijojima, au Japon. "La bouée du Pacifique", le quartier général d'Interpol, permet de relier les caméras de sécurité du monde entier dans un seul lieu. Alors qu'une opération militaire se prépare, le détective Conan, présent sur les lieux, apprend le meurtre d'une employée d'Europol, par une organisation secrète. Aux côtés des Détectives Juniors, il se faufile dans la bouée afin de mener l'enquête et tenter de réunir le plus d'informations possible.