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Depuis sa fusion avec le puppet master et quatre autres entités, Motoko est devenue la forme de vie la plus complexe de l'univers. Experte en cyber-criminalité et en anti-terrorisme virtuel, elle aide le département d'investigation du groupe Poséidon, chargé de veiller à la paix dans le monde, en contrôlant à distance des corps mis à sa disposition aux quatre coins du monde qui n'attendent que son intrusion pour agir... Dans le même temps, l'officier Tamaki Tamai, aux ordres du bureau des Forces Spirituelles, est chargée d'enquêter sur les phénomènes perturbant l'univers temporel.