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Bowman se réveille après un second coma cryogénique. Alors qu'il s'attendait à être entouré des scientifiques de l'Arche, prêts à le soigner de son empoisonnement, il se retrouve seul dans un environnement qui lui est devenu inconnu. À la recherche de ses équipiers, il s'engage dans un monde foncièrement différent de celui qu'il connaissait, bien que radicalement marqué par les événements vécus à son époque. Bowman comprend que la planète n'a pas encore révélé sa principale menace.