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300 ans après notre ère, la Terre vit meurtrie des blessures causées par l'inconscience de l'homme. Le monde est désormais dominé par la toute puissance des esprits de la forêt qui infligent à l'humanité leur colère pour les souffrances passées. Dans ce nouveau monde, co-existent deux cités : Ragna, qui oeuvre pour le retour de la civilisation, et la Cité Neutre, qui prône l'harmonie avec la forêt. Mais le destin s'en mêle lorsque Agito réveille par hasard Toola, une jeune fille du temps passé, conservée mystérieusement dans un sanctuaire interdit.