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Kanji Sasahara rentre en première année à l'université. Grand fan de mangas, il recherche un club étudiant où il pourrait partager sa passion. Malgré sa timidité maladive, il va à la rencontre des adhérents du club d'étude de la culture visuelle moderne, aussi appelé Genshiken. D'authentiques otakus vont le pièger et lui faire passer un test avant de l'accueillir.