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Résumé des épisodes précédents : Shinichi Kudo est un détective lycéen dont le corps a rapetissé suite à l'ingestion d'un poison fabriqué par une mystérieuse organisation. Il habite chez son amie d'enfance, Ran, sous l'identité temporaire de Conan Edogawa. Tout ce que l'on sait sur L'Organisation est qu'elle multiplie les actes criminels dans l'ombre pour récupérer d'importantes sommes d'argent, qu'elle fabrique d'étranges médicaments et qu'elle essaie de réunir les meilleurs programmeurs informatiques.