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Alex, maintenant adolescent, mène une vie normale. Le retour soudain du ninja à carreaux annonce le retour d'un danger qu'il croyait disparu. Ensemble, ils découvrent qu'une menace plus sombre se prépare, liée à un secret du passé du ninja. Forcés de repartir en mission, Alex et son compagnon devront affronter de nouveaux ennemis. Leur amitié sera mise à l'épreuve, car cette fois, l'avenir de tous dépend de leur capacité à rester unis.