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Kanji Sasahara rentre en première année à l'université. Grand fan de mangas et d'animés, il recherche un club étudiant où il pourrait partager cette passion. Un seul semble lui convenir : le'Club d'étude de la culture visuelle moderne +, aussi appelé Genshiken. Malgré sa timidité maladive, il tente d'en apprendre plus sur les activités proposées par ce club. Il va à la rencontre des adhérents, d'authentiques Otakus, qui le piègent et lui font passer un test avant de l'accueillir officiellement.