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Toujours au Caire, Amy et Dan reçoivent un télégramme énigmatique, signé NRR qui les met sur une nouvelle piste. Ils s'envolent vers la Russie où d'indice en indice ils arrivent à Saint-Pétersbourg et à Moscou. Les traces des derniers tsars, l'histoire tragique de Raspoutine et des derniers Romanov sauvagement assassinés vont être découverts par les héros.

Dan et Amy, associés à leur oncle Alistair Oh, partent à Tokyo pour décoder le message découvert sur les sabres à Venise. Sur les traces d'un guerrier japonais du XVIe siècle, ils sont poursuivis par les Holt et s'enfuient dans le métro souterrain. Ils y exhument un haïku mystérieux. Ils rejoignent Alistair en Corée et se trouvent forcés de s'allier avec les Kabras qui finissent par les trahir.

Amy découvre en Autriche un indice caché dans le journal de Nannerl Mozart, la soeur du compositeur, et s'opposent au clan Janus des Cahill, avec la complicité d'Alistair Oh, du clan Ekaterina.

Dans son testament, Grace Cahill, la grand-mère de Dan et Amy, leur lègue l'énigme des 39 clés sous la forme d'un jeu de piste qui les met en concurrence avec d'autres membres de la famille. Un indice les mène sur les traces de Napoléon Bonaparte, en Egypte

Amy, Dan et Nelly atterissent à Sidney, et partent à la recherche du cousin de leur père : oncle Shep. Amy reçoit un coup de fil de Ian Kabra, qui lui apprend que l'incendie dans lequel sont morts ses parents était volontaire. Bouleversée, elle accepte de le rencontrer mais Irina intervient. Les Kabra finissent par kidnapper la jeune fille.