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De passage à Dublith chez leur mentor, la terrible Izumi Curtis, les frères Elrics vont devoir faire face à une mystérieuse organisation composée d'hommes aux pouvoirs extraordinaires. C'est l'occasion de faire connaissance avec leur leader, le charismatique Greed, qui s'avérera être un adversaire de taille, mais aussi d'en apprendre plus sur la face cachée des instances militaires d'Amestris...

Les deux frères Elric accompagnés de Winry font route vers la ville de Diblith. Ils font une escale dans la bourgade de Rush Valley, la Mecque des créateurs d'auto-mails, un endroit rêvé pour en savoir plus sur les secrets de la création des membres mécaniques et sur l'origine de la vie...

Après quelques péripéties dans la région de Rush Valley, Edward et Alphonse quittent leur amie Winry, qui veut se perfectionner en mécanique, pour continuer leur voyage vers le sud du pays. Toujours en quête d'informations concernant la transmutation humaine, nos deux alchimistes se rendent chez leur maître, la terrible Izumi Curtis...

Alors qu'Edward s'absente pour passer son examen annuel d'alchimiste, Alphonse se fait prendre en otage par le terrible gang du Devil's Nest. Leur leader, Greed, veut percer son secret afin d'obtenir la vie éternelle.

L'aventure des frères Elric continue avec la découverte des secrets renfermés par le corps de Barry le boucher. Quel est donc le rôle exact de l'armée dans ce qui semble être un complot à l'envergure de plus en plus incalculable ?

Les deux frères Elric mènent une expérience d'alchimie interdite qui tourne mal : Edward perd un bras et Alphonse son corps, son esprit se retrouvant enfermé dans une armure. Ils se lancent alors à la recherche de la pierre philosophale qui leur permettra de retrouver leur état initial.