Naruto et Sasuke s'affrontent dans un combat titanesque. C'est le début de nouvelles aventures pour Naruto et les jeunes shinobis de Konoha. Ce 27e tome contient aussi les aventures inédites de Kakashi, ou la vie de jeunes combattants au front.
Naruto et ses amis se dirigent vers le repaire de l'Akatsuki pour sauver Gaara, prisonnier de l'infâme organisation. Mais Itachi se dresse sur leur chemin et, au même moment, Kisame apparaît devant le groupe de Gaï, parti en renfort.
Naruto et ses amis forcent l'entrée du repaire d'Akatsuki pour se trouver face à un Gaara méconnaissable aux mains de ses geôliers. Débordant de rage, Naruto se rue sur Deidara, qui parvient malgré tout à s'échapper. Sakura et la vieille Chiyo se retrouvent alors seules dans la grotte face au redoutable Sasori.
Naruto est un garçon un peu spécial. Il est toujours seul et son caractère fougueux ne l'aide pas à se faire apprécier de son village. Malgré cela, il garde l'ambition de devenir un maître Hokage, la plus haute distinction dans l'ordre des ninjas, et ainsi obtenir la reconnaissance de ses pairs.
Deux ans ont passé. Sa formation avec Jiraya achevée, c'est un Naruto plus fort et plein d'assurance qui revient au village de Konoha. Mais la joie des retrouvailles est de courte durée. L'effroyable organisation Akatsuki a surgi de l'ombre pour attaquer Gaara, devenu Kazekage.
Naruto et ses compagnons approchent Kabuto qui espionnait pour le compte d'Akatsuki. Mais Orochimaru ayant rompu le sort d'envoûtement qui frappe son fidèle lieutenant, la stratégie du commando de Konoha échoue. Orochimaru provoque alors Naruto et ses équipiers en faisant allusion à Sasuke. Sous l'effet de la colère, Naruto libère le pouvoir du Démon-Renard.