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Deux cents ans après la mort de l'officier Ripley, une équipe de généticiens ressuscite la jeune femme en croisant son ADN avec celui d'un Alien. Le cauchemar reprend. A bord de la station Auriga, Ripley donne naissance à un fils qui lui est aussitôt enlevé. Prisonnière, elle s'efforce de renouer avec son lointain passé humain. Bientôt un autre vaisseau rejoint l'Auriga. Parmi l'équipage composé de brutes et de mercenaires, Ripley découvre une belle jeune femme, Call, avec laquelle elle ne tarde pas à se lier d'amitié.

Seule survivante d'un carnage sur une planète lointaine, Ripley s'échoue sur Fiorina 161, planète oubliée de l'univers, balayée par des vents puissants. Une communauté d'une vingtaine d'hommes y vit. Violeurs, assassins, infanticides, ce sont les plus dangereux détenus de droits communs de l'univers. L'arrivée de Ripley va les confronter à un danger qui sera plus fort qu'eux.

Le cargo spacial Nostromo se dirige vers la Terre. Les sept membres de l'équipage sont réveillés par l'ordinateur de bord qui a repéré des signes de vie sur une planète proche. Des signes de vie bientôt porteurs de mort...