A la recherche de la pierre philosophale, l'agent Gavroche et le capitaine bonapartiste Dantès dérobent le coffre renfermant les chandeliers et la carte menant au tombeau de l'abbé Frollo, tandis que la menace du fantôme de Paris se fait de plus en plus précise.
Après avoir exploré les fonds marins de Nouvelle-Calédonie et repéré une présence inconnue dans les eaux de Vanikoro, les équipages se dirigent vers Cherbourg. Le navire de guerre sudiste, l'Alabama, est poursuivi par le sous-marin nordiste, le Kearsage.