Paris 1867. Retranchée dans le bureau du Fantôme de Paris, Eglantine explore les mémoires de ce dernier consignées dans un épais carnet. Elle découvre l'aventure américaine du fantôme et son alliance avec Lincoln, Zelda et Gavroche pour libérer Mpandé, un esclave, fils d'un roi Zulu, dernier rescapé du naufrage d'un navire négrier commandé par un certain Capitaine Morgane, alias Arthur Blake...
Grande-Bretagne, 1927. Noémie et Emilien, deux cousins, reviennent dans le manoir de famile après avoir passés plusieurs années en pensionnat. Habitués à leur vie indépendante, leur sentiment est partagé. Mais le lieu est rempli des inventions du père d'Emilien dont une machine créée pour le concours Jules Verne qui va leur faire vivre des aventures hors du commun.