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L'histoire prend place 17 ans après les événements de Far Cry 5, qui s'est vu terminé par une explosion et une guerre nucléaire à travers le monde, alors que Joseph Seed, le leader de la secte contrôlant la région de "Hope County", fut renversé au même moment par la résistance. Cependant, Joseph put s'en sortir en se réfugiant dans un bunker en sauvant celui qui avait pourtant anéanti tout ses efforts, restant fidèle à son principe de "sauver autant de gens que possible, qu'ils veuillent êtres sauvés ou non".